Hallöchen Steffie,
das Kratzen und gerötete Kiemen spricht tatsächlich für Kiemenwürmer. Du solltest die Tiere auf jeden Fall in ein separates Behandlungsbecken geben. Das Problem ist, dass die - wenn ich mich recht erinnere - ihren toten Wirt verlassen und damit dann verstärkt im Becken unterwegs sind, sobald einer verstorben ist.
Ich würde sie rausfangen und separieren, großzügigst Wasserwechsel machen und dann die Kleinen mit einem Mittel gegen Kiemenwürmer behandeln. Leider sind habrosus sehr empfindlich gegenüber einigen Medikamenten. Z. B. alle Methylenblau-haltigen Mittel sind absolut für deren Behandlung ungeeignet. Damit tötest du u.U. mehr, als durch die Krankheit an sich.
Die ganzen Wurmmittel (von Preiscoli mal abgesehen) sind sowieso absolute Hämmer. Sie sind sehr belastend für die Tiere und für Wirbellose eigentlich immer tödlich. D.h. es werden alle Schnecken und Garnelen, die evtl. im Becken sind, sterben, wenn diese Mittel eingesetzt werden.
Ich habe jetzt nicht extra mehr nachgelesen und bei mir ist die Kiemenwürmer-Zeit Gottlob schon einige Jahre her; daher bin ich mir nicht mehr sicher, ob ohnehin das komplette Becken entseucht werden müsste. Falls ja, dann kannst du die habrosus natürlich drin lassen - aber dann musst du danach den Bodengrund komplett austauschen, weil die Mittelchen gerne mit den Tagen ausfällen und sich auf dem Boden absetzen, der natürlich ausgerechnet von den Welsen und Schnecken gerne durch- und abgemümmelt wird. Dann sterben dir in den Folgewochen immer wieder Tiere wegen der Medikamentenrückstände. So war's jedenfalls bei mir damals - trotz Aktivkohle nach der Behandlung. Was am Boden sitzt bekommst du damit nicht weg.
Prüfe also bitte nochmal nach, ob Costapur wirklich zur sicheren Behandlung von Kiemenwürmern gedacht ist, ob es Methylenblau enthält, ob du evtl. Wirbellose retten möchtest - die du vorher rausfischen müsstest in ein anderes Becken. Habe mit dem Mittel keinerlei Erfahrungen und kenne es auch nicht (außer vom Namen her).
Ich habe mir damals die Viehcher auch mit einem Corydoras-Zukauf aus dem Handel eingeschleppt und mir so nahezu den komletten Altbestand des AQ ausgelöscht. Das ist der Grund, warum ich ein Q-Becken angeschafft habe. Die Anschaffung lohnt sich auf Dauer wirklich

Vielleicht haben wir aber noch einen Spezialisten für Cory-Krankheiten, der auf Anhieb mehr mit den Symptomen anfangen kann. Es ist immer eine Sache, ob man medikamentös behandeln soll oder lieber doch nicht, weil man die Krankheit eh nicht sicher bestimmen und ein Medikament - vor allem: falsch eingesetzt - dann eher schaden als nützen kann. Tut mir leid, dass ich dir auch nicht viel mehr weiter helfen kann.